Madrasah Tsanawiyah Nahdlatul Ulama Putra 2 (MTs NU Putra 2) Buntet Pesantren Cirebon semula bernama Madrasah Tsanawiyah Nahdlatul Ulama Putra (MTs NU Putra) didirikan pada tahun 1967, merupakan Madrasah Tsanawiyah pertama yang berdiri di lingkungan Pondok buntet Pesantren Cirebon.

MTs NU Putra didirikan untuk melengkapi lembaga pendidikan formal yang sebelumnya telah berdiri, yakni sekolah yang berbasis kejuruan dibawah lingkungan Departemen Agama Yaitu PGA 4 Tahun Mullimin khusus untuk putra yang sekarang berubah nama menjadi MTs NU Putra 1 dan PGA 4 tahun muallimat Khusus untuk putri yang sekarang berubah nama menjadi MTs NU Putri 3.

Dengan berdirinya MTs NU Putra saat itu masyarakat mempunyai pilihan dalam menentukan pendidikannya.

Bagi masyarakat yang berminat menjadi seorang juru mengajar dapat melanjutkan pendidikannya ke PGA 4 tahun dan bagi yang berminat melanjutkan pendidikannya secara umum dapat memilih MTs NU Putra sebagai tempatnya menimba ilmu.

Struktur Kepala Madrasah Tsanawiyah Putra 2 Buntet Pesantren Cirebon sejak berdiri hingga sekarang adalah sebagai berikut :

1. KH. Izzuddin Azza (1967 – 1974)
2. KH. Hasanuddin Kriyani (1974 – 1976)
3. KH. Abdul Hamid Anas (1976 – 1978)
4. KH. Fakhruddin Mulyono (1978 – 1998)
5. KH. Imamuddin Mujahid (1998 – 2001)
6. KH. Drs. Anis Manshur (2001 – 2005)
7. K. Bunyamin S.Ag (2005 – 2013)
8. Buldan Fauzi S.Ag (2013 – 2023)
9. Ammar Firman Maulana, M.Pd (2024 – Sekarang)

Tokoh Pendiri

Berdirinya MTs NU Putra 2 Buntet Pesantren Cirebon, tidak lepas dari jasa-jasa para tokoh yang peduli terhadap pendidikan generasi Islam antara lain :

1. KH. Mustahdi Abbas
2. KH. Mustamid Abbas
3. KH. Abdulah Abbas
4. KH. Junaidi Anas
5. KH. Chowas Nuruddin
6. KH. Imamuddin Mudjahid
7. Para Masyayikh Pondok Buntet Pesantren